Im Gegensatz zu einigen anderen Gütesiegeln ist Webshop Gütesiegel unabhängig. Alle Mitglied-Onlineshops sind darauf bedacht, die Verbraucherbelange so gut wie möglich zu berücksichtigen.
Um die Unabhängigkeit zu gewährleisten, ist die Verwaltung im Webshop Gütesiegel untergebracht. Die bei Webshop Gütesiegel angeschlossenen Unternehmen sind verpflichtet, sich an die europäischen und nationalen gesetzlichen und ordnungsrechtlichen Rahmen und den Gütesiegelkodex zu halten. Webshop Gütesiegel hat sich zum Ziel gesetzt, das Vertrauen der Verbraucher in Bezug auf Einkäufe über das Internet, per Telefon, Katalog und Post zu vergrößern.